中科院上海高等研究院的新入职员工是有事业编制的。因为中科院上海高等研究院是中国科学院的直属单位，属于国家事业单位，按照国家事业单位管理的相关规定，员工都会被分配事业编制。所以，新入职员工在中科院上海高等研究院是拥有事业编制的。