南京财经大学的金融工程专业在多个方面展现出其优势。作为一所省属财经类特色院校，南财大在经济学和管理学领域有着显著的学术优势。其金融工程专业更是被授予了省级特色专业的称号，这不仅体现了学校对该专业的高度重视，也表明该专业在教学和科研方面具有较高的水平。

相比之下，南京信息工程大学则更专注于大气科学领域，虽然这使其成为了一所双一流大学，具备强大的综合实力，但其在金融工程方面的研究和教学资源相对有限。尽管南信大的整体实力较强，但在财经类专业的竞争中，其专业实力并不如南财大。

从师资力量、课程设置以及科研项目来看，南财大的金融工程专业也更具有优势。南财大拥有一支经验丰富的教师团队，他们在金融工程领域有着深厚的研究背景和丰富的教学经验，能够为学生提供高质量的教学。

此外，南财大的金融工程专业还与多家金融机构建立了紧密的合作关系，为学生提供了丰富的实习和就业机会。这些合作不仅有助于学生了解金融市场的实际运作，也为他们未来的职业发展打下了坚实的基础。

综上所述，南京财经大学的金融工程专业无论从学科背景、师资力量还是科研实力等方面都优于南京信息工程大学，为学生提供了更加优质的教育资源和发展机会。