肠内营养常使用于危重病人，应用肠内营养后，最容易发生和最危险的并发症是吸入性肺炎。是由于病人合并有胃潴留，胃肠运动明显减弱，排便不畅等原因，导致胃内营养液没有下传到肠道，而反流、误吸引起吸入性肺炎。

肠内营养如果输注的速度过快，会导致病人腹胀，腹泻，恶心，呕吐，或者营养液过冷，过热，让病人产生腹部不适的感觉。肠内营养常常是放置肠内营养管进行鼻饲应用，所以会存在营养管的脱落、堵塞等并发症。