上海海事大学现有临港校区、民生路校区、东明路校区等3个校区。临港校区于2008年10月基本建成，校园占地面积133万余平方米，总建筑面积60万平方米。

民生路校区位于浦东新区。1909年晚清邮传部上海高等实业学堂(南洋公学)船政科开创了我国高等航海教育的先河。1912年成立吴淞商船学校，1933年更名为吴淞商船专科学校。1959年交通部在沪组建上海海运学院。

东明路校区位于浦东新区东明路1338号。上海海事大学是一所以航运、物流、海洋为特色，具有工学、管理学、经济学、法学、文学、理学和艺术学等学科门类的多科性大学。2008年，上海市人民政府与交通运输部签订协议，共建上海海事大学。