南京航空航天大学更好一点。

一、办学历史差异

1、南京理工：学校由创建于1953年的中国人民解放军军事工程学院（简称“哈军工”）分建而成，经历了炮兵工程学院、华东工程学院、华东工学院等发展阶段，1993年更名为南京理工大学。

2、南航：学校前身是1952年10月创建的南京航空工业专科学校，是中华人民共和国创办的第一批航空高等院校之一；1978年，被国务院确定为全国重点大学。

3、武汉理工：武汉理工大学办学源头起源于1898年湖广总督张之洞奏请清政府创办的湖北工艺学堂，2000年5月27日由原武汉工业大学、武汉交通科技大学、武汉汽车工业大学合并组建。

二、师资力量差异

1、南京理工：南京理工大学有教职工3200余人，专任教师2000余人，教授、副教授1200余人，其中，两院院士20人。

2、南航：学校有教职工3131人，其中专任教师1845人。专任教师中，高级职称1260人，博士生导师516人，院士及双聘院士11人，杰出青年基金获得者8人。

3、武汉理工：学校共有教职工5419人，其中专任教师3255人，中国科学院院士1人，中国工程院院士4人，欧洲科学院院士3人，澳大利亚工程院院士1人。

三、教学建设差异

1、南京理工：学校设有国家级实验教学示范中心2个，共10门课程获选为国家级精品课程。

2、南航：学校有国家级精品课程11门，国家精品视频公开课建设项目6个，10门国家精品在线开放课程，国家级人才培养模式创新实验区2个。

3、武汉理工：学校拥有国家特色专业15个、卓越工程师教育培养计划试点专业28个、国家综合改革试点专业4个、国家战略性新兴产业专业2个。

以上内容参考百度百科——南京理工

以上内容参考百度百科——南航

以上内容参考百度百科——武汉理工