山东大学（简称山大）的毕业证书确实存在一定的差异，主要体现在以下几个方面。首先，封皮、格式和校长的签名都是相同的，象征着教育质量的统一。然而，专业设置上存在区别，山大总校和威海分校的专业不完全重叠，这意味着毕业生的专业特长可能有所不同。编号顺序也有差异，由于威海分校独立招生，其学校编号与济南总校的编号是分开的，这一点在证书上也能体现出来。

对于学生选择，如果分数足够高，通常会优先考虑报考总校，以获取更丰富的专业选择。而分数稍低但希望就读优质专业的学生，威海分校是一个不错的选择，它的学习环境优良，近年来通过吸引名校调剂生，提升了整体生源质量，毕业生就业反馈良好。值得注意的是，山东大学威海分校是教育部直属的重点综合性大学，与济南总校同属“211工程”和“985工程”项目，享有相同的教育地位。

此外，山东大学威海分校自1984年成立以来，不断发展壮大，曾计划探索新的办学模式，如在2010年的“两会”中提到的“山东大学系统”概念，旨在通过校区整合，如济南校区、威海校区和青岛校区，形成一个统一的高等教育体系，进一步提升其在区域内的影响力。