在比较兰州交通大学与西安交通大学的土木工程系时，可以看到西安交通大学的土木工程系表现更为优秀。西安交通大学作为一所国家教育部直属的全国重点大学，拥有深厚的学术底蕴。它曾是上海交通大学的一部分，后迁至西安，至今在全国一本院校中排名靠前。

相比之下，兰州交通大学起初名为兰州铁道学院，直到近几年才更名为交通大学，是一所二本院校。尽管兰州交通大学近年来有所发展，其整体排名仍处于中等偏上水平，与西安交通大学之间存在较大差距。

从师资力量、科研水平、教学资源等方面综合考量，西安交通大学无疑具有明显的优势。西安交通大学在土木工程领域积累了丰富的教学与科研经验，培养了众多优秀人才，这为其土木工程系赢得了良好的声誉。

兰州交通大学虽然近年来在土木工程方面取得了一定的进步，但在整体实力上仍与西安交通大学存在差距。因此，在选择土木工程专业时，考虑西安交通大学可能会是一个更优的选择。