中国科学技术大学和东南大学在通信工程领域都有较强的科研实力。通信工程是一个广泛而复杂的领域，其强度受到学科方向和研究领域的多种因素影响。因此，我们应当进一步明确您所感兴趣的通信工程的具体方向，以便进行更详尽和客观的对比分析。

在信息与通信工程这一一级学科中，中国科学技术大学与东南大学的排名相差不大，都位于国内顶尖水平。中国科学技术大学在多个方向上表现出色，包括通信与信息系统、信号与信息处理以及电子与通信工程等。而东南大学则在电子工程、计算机科学与技术等方面表现优异。

两所学校的通信工程研究实力也存在一定差异。中国科学技术大学在5G研究、新型半导体材料和器件等方面拥有显著优势。东南大学则在无线通信、光纤通信和智能交通等领域有着不俗的表现。

综上所述，中国科学技术大学和东南大学在通信工程领域均具备强大的实力，排名上也存在一定的差异。然而，为了更好地进行详细和客观的比较，还需要更具体地了解您所关注的通信工程的具体方向和内容。

中国科学技术大学在通信与信息系统方面有着深厚的研究基础，特别是在新型通信技术、网络架构和安全防护等方面有着显著的研究成果。东南大学则在计算机科学与技术领域有着显著优势，特别是在人工智能、大数据处理和智能算法等方面有着丰富的研究经验。

除了研究实力，两所学校的教育资源和师资力量也值得关注。中国科学技术大学拥有一支高水平的师资队伍，包括多位在国内外享有盛誉的专家和学者。东南大学同样拥有一支优秀的教师团队，其中包括多位在相关领域具有丰富经验和深厚造诣的教授和研究人员。

此外，两所学校在科研设施和实验室建设方面也投入了大量资源。中国科学技术大学拥有先进的实验设备和研究平台，为通信工程领域的研究提供了强有力的支持。东南大学也建设了一系列高水平的实验室和研究基地，为科研工作提供了良好的硬件环境。

综上所述，中国科学技术大学和东南大学在通信工程领域都有着显著的优势。然而，具体选择哪所学校的通信工程专业，还需要根据您的个人兴趣和职业规划来决定。希望以上信息能够帮助您做出更明智的选择。