不可以。生物工程与电气自动化是两个截然不同的专业领域。生物工程侧重于生命科学与工程学的交叉，主要研究生物技术、生物材料、生物医学工程等内容。而电气自动化则涉及电子技术、自动控制理论、计算机技术等，主要用于工业自动化、电力系统、电子设备的设计与制造。

由于这两个专业的学习内容、研究方向及就业方向都有很大的区别，跨专业考研可能会面临较大的挑战。如果考生希望在研究生阶段深入学习，建议选择与自己本科专业相近或相关的专业进行报考，这将有助于更好地适应研究生课程的学习和研究。

例如，生物医学工程是一个结合了生物学、医学和工程学的交叉学科，与生物工程有较强的关联性，但依然与电气自动化有着较大的差异。如果考生希望拓宽知识面，可以考虑选择与电气自动化有一定联系的专业，如控制理论与控制工程、电气工程及其自动化等，这些专业的学习内容与电气自动化有较多的重合，有助于考生顺利过渡到研究生阶段的学习。

综上所述，跨专业考研需谨慎考虑，选择与本科专业相关的专业进行报考，以确保能够顺利完成学业，实现个人职业发展的目标。