南京理工专硕考上海交大博士面临挑战。

首先，南京理工专硕与上海交大博士的学位层次不同，博士的要求和标准更高，竞争更为激烈。

其次，上海交大作为国内顶尖学府，其博士生招生标准严格，名额有限，众多优秀申请者竞争激烈的名额。

考生需通过多轮考试与面试展示个人能力与潜力，还需提交高质量科研成果与推荐信等资料，对考生能力与准备提出高要求。综合以上，南京理工专硕考入上海交大博士面临相对困难，需充分准备及展现出色能力。