常州大学设有多个学院，涵盖了多个学科领域。石油化工学院、食品学院（分析测试中心）、制药与生命科学学院、护理学院等专注于化工、食品、医药和护理等专业。机械工程学院和城市轨道交通学院则分别在机械工程和城市轨道交通方面进行深入研究。石油工程学院和材料科学与工程学院则关注石油工程和材料科学领域。环境与安全工程学院致力于环境科学和安全工程的研究，信息科学与工程学院、数理学院则分别在信息科学和数学物理领域有深厚的积累。

商学院下设管理学院和经济学院，专注于商业管理、经济分析等。史良法学院和思想政治理论课教学研究部则分别在法学和思想政治教育方面有所建树。艺术学院、外国语学院和体育学院则在艺术、语言和体育方面提供教育与培训。国际教育交流学院和华罗庚学院则致力于国际教育交流和数学教育。

继续教育学院和怀德学院专注于继续教育和特殊教育领域。高等职业教育研究院则致力于高等职业教育的研究与实践。生物医学工程与健康科学研究院、光伏科学与工程协同创新中心、先进催化与绿色制造协同创新中心和联合化学反应工程研究所则在生物医学工程、光伏科学与工程、先进催化与绿色制造和化学反应工程等领域进行科学研究。

常州大学还设有设计研究院和国家与江苏石油石化发展战略研究基地，致力于石油石化发展战略研究。常州现代服务业研究院和城市轨道交通研究院则分别在现代服务业和城市轨道交通研究方面有所贡献。创新创业学院则致力于培养学生的创新精神和创业能力。