区别是学习方式不同和所获证书不同。

1、学习方式不同：函授研究生以学员自学为主，面授为辅，在职研究生既能面授上课，又能远程视频学习。

2、所获证书不同：函授研究生属于本科或专科教育，毕业可获相应证书，在职研究生报考方式不同所获证书不同。