在高校的一级学科中，自主设置的目录外二级学科是指那些在一级学科框架下出现的新交叉学科或研究方向。这类学科往往具有独特的研究内容和方法，但尚未得到国家教育部的全面承认。然而，这些学科已经在某些高校得到了实际应用和发展，例如清华大学的控制科学与工程（自动化）一级学科就自主设置了生物信息学这一二级学科。这类学科的设置为学术研究和教育提供了更多的可能性，也推动了相关领域的发展。

自主设置的目录外二级学科能够反映学科发展的前沿趋势，填补现有学科体系中的空白。例如，清华大学的生物信息学二级学科，正是在控制科学与工程一级学科的基础上，结合生物学和信息科学的交叉研究而产生的。这一学科的出现，不仅为学生提供了新的学习方向，也为教师提供了新的研究领域。

社会机构对这类学科的认可度较高。以生物信息学为例，尽管它尚未被国家教育部正式承认，但在学术界和工业界却有着广泛的影响力。毕业生通过学习生物信息学，不仅能够掌握先进的数据分析技术，还能在生物医学、生物技术和信息技术等领域找到合适的工作。因此，这类学科的硕士毕业证在社会上得到了广泛的认可。

自主设置的目录外二级学科的设置，也促进了高校与企业之间的合作。许多高校通过与企业的合作，将最新的研究成果应用到实际生产中，提高了科研成果的转化率。同时，企业也能通过与高校的合作，获得最新的科研成果和人才，推动企业的发展。

总的来说，自主设置的目录外二级学科在高校中发挥着重要作用。它们不仅促进了学科的发展，也为学生提供了更多学习和研究的机会。未来，随着学科的发展和教育体系的完善，这类学科将会得到更广泛的认可和应用。