复旦大学公共经济研究中心的学术研究领域涵盖了多个重要方向，旨在深入探究公共经济的核心议题。首先，中心重视公共产品理论的研究，探索公共物品的提供、分配及其对社会经济的影响。

其次，收入分配理论是研究中心关注的重点，通过理论模型和实证分析，探讨如何实现更公平、更合理的财富分配格局。财政分权理论则研究政府层级间的资源配置和权力划分，对国家治理有深远影响。

政府绩效评价与绩效预算也是研究的核心内容，如何衡量政府服务的质量和效率，以及如何以绩效为导向进行预算管理，是研究中心持续探索的课题。财政支出理论和政策则关注政府如何有效地运用资金，推动社会经济发展。

税收理论和政策研究是必不可少的一部分，研究中心深入剖析税收制度的经济效应，以及如何优化税收政策以促进国家税收收入和经济的健康运行。国有资产管理则涉及国有资产的保值增值、运营模式以及监管机制的研究。

此外，非营利组织的研究揭示了这些机构在社会服务中的作用和影响，以及如何促进社会公益事业的发展。会计理论和实务的研究则关乎经济活动的记录和报告，确保信息的准确性和透明度。

审计理论和实务则聚焦于财务审计的规范和实践，确保公共资金的合理使用和财务报告的真实可信。最后，资产评估理论和实务的研究关注资产价值的确定和管理，这对于企业和市场交易具有重要意义。