西南大学考研最难的三个专业是计算机科学与技术、应用统计以及会计专业。

1、计算机科学与技术专业因其广泛的应用领域和就业前景，吸引了大量考生报考，竞争激烈，考试难度较大。

2、应用统计专业由于其高度的专业性和应用性，使得其考研难度也相对较高。这个专业需要考生具备扎实的数学基础和良好的数据分析能力，而考研的题目也往往涉及复杂的统计理论和实际问题，因此难度较高。

3、会计专业因其实用性和就业前景良好，一直是考研的热门专业之一。然而，由于竞争激烈，录取比例较低，考试难度也相应增大。