上海WTO事务咨询中心作为一家具有广泛国际和国内影响力的咨询服务机构，以其网络组织形式，与国内外研究机构开展合作研究。
在中国的金砖国家经贸研究网络中，上海WTO事务咨询中心于2011年发起成立了“金砖国家经贸合作民间支持网络”，该网络单位涵盖了中国社会科学院、清华大学、武汉大学、厦门大学、复旦大学、华东师范大学、上海社会科学院等高等院校和科研单位，旨在推动国内金砖国家的经贸研究，并为商务部相关部门提供决策咨询。
国内的金砖国家经贸合作民间支持网络是商务部国际司委托上海WTO事务咨询中心筹组的，旨在为金砖国家合作提供智力支持的咨询研究联合体。其中，上海WTO事务咨询中心作为归口渠道，与各大专院校、科研机构和商务部国际司就金砖国家合作民间智力支持事宜进行沟通联络和协调。该网络积极为每年金砖国家首脑会议期间的经贸部长会议提供咨询研究成果，并每年出版《金砖国家经贸年度发展报告》。
亚洲WTO研究网络成立于2004年11月，是一个由来自日本、中国、韩国、泰国、新加坡、马来西亚等亚洲国家从事WTO研究的官员和学者组成的松散组织。网络成员约有30余人，WTO原上诉机构成员、上海WTO事务咨询中心顾问松下满雄出任该网络组织的主持人。研究网络每年召开1-2次会议，由各成员轮流主办，迄今为止，上海WTO事务咨询中心主办了其中的3次会议。
贸易投资争端解决研究网络是上海WTO事务咨询中心关注的另一个领域。该中心长期关注国际贸易及投资的争端解决研究，为客户提供相关的咨询服务。自2001年起，中心每年编译出版《WTO争端解决案例》，近年来与商务部条法司合作编译出版《中国参与WTO争端解决案例》系列出版物。自2012年起，上海WTO事务咨询中心发起成立“WTO争端解决研究网”，通过互联网形成国内有关WTO争端解决的政府官员、专业律师、学者专家的互动研讨咨询队伍，及时为政府及企业提供专业的贸易和投资争端解决咨询服务。上海WTO事务咨询中心每年将邀请中国政府推荐的WTO争端解决指示性名单上专家进行年度研讨会。
