1. 中国原子能科学研究院设有七个研究所，包括核物理研究所、反应堆工程研究设计所、放射化学研究所、同位素研究所、核技术应用研究所、辐射安全研究所和快堆研究设计所。这些研究所下设有研究室或中心。

2. 该院还包括七个工程技术和研究部，分别为中国先进研究堆工程部、串列加速器升级工程部、放射性“三废”设施治理工程部、核燃料后处理放化实验设施工程部、中国核工业科技馆工程部、反应堆工程设计部和放射性计量测试部。

3. 中国原子能科学研究院下辖北京原子高科核技术应用股份有限公司、北京原丰科技开发公司、实验工厂、电子仪器厂等二十个产业实体。

4. 该院还设有中国核数据中心、中国快堆研究中心、北京串列加速器核物理国家实验室、核工业核保障技术重点实验室、国防科学技术工业委员会放射性计量一级站、国家同位素工程技术研究中心等重要科研机构。

5. 现有职工三千余人，其中包括五名两院院士、一百一十七名博士生导师、六百多名高级科研与工程技术人员。

6. 钱三强、王淦昌、戴传曾、孙祖训、樊明武、赵志祥等著名科学家曾先后担任该院的院长。

7. 现任院长为万钢。