福建农林大学拥有多个高水平学科。首先，学校具有2个国家重点学科以及2个农业部重点学科，同时还有7个国家林业局重点学科。此外，学校在福建省内也拥有9个特色重点学科，21个重点学科以及3个省级优势学科平台。

在全国第三轮学科评估中，福建农林大学的学科实力得到认可，共有1个学科进入全国前5名，4个学科进入全国前10名。其中，国家级重点学科（1个）为植物病理学，培育重点学科（1个）为作物遗传育种。农业部重点学科涵盖植物病理学、作物遗传育种。国家林业局重点学科则为森林培育。

在福建省内，福建农林大学在学科建设上更为丰富多元。学校拥有21个省级重点学科，涵盖植物保护、作物学、林学、农业资源与环境、园艺学、农林经济管理、林业工程、生物学、食品科学与工程、生态学、风景园林学、畜牧学、兽医学、马克思主义理论、农业工程、公共管理、环境科学与工程、统计学、交通运输工程、机械工程、工商管理等多个领域。

此外，学校还设置了9个特色重点学科，包括林学、园艺学、农林经济管理、林业工程、生物学、生态学、食品科学与工程等，体现了学校在这些领域内的专业实力与创新研究。