在选择内蒙古医科大学或包头医学院的研究生时，首先要考虑的是你的专业兴趣和职业规划。不同学校在不同专业领域内的实力和排名可能会有所不同，因此，选择一所专业排名较高的学校往往能为你带来更好的学习资源和学术环境。当然，这并不意味着学校排名是评价研究生质量的唯一标准。实际上，研究生在就业市场的待遇，更多取决于个人能力、专业技能以及个人努力，而非仅仅学校背景。

在就业市场上，无论是内蒙古医科大学还是包头医学院，其研究生的待遇差异通常不会太大。因为大多数单位在招聘研究生时，更看重的是个人的专业能力和实际工作表现，而非毕业院校的名气。所以，从待遇角度来看，选择哪所学校可能并不会对你的职业发展产生显著影响。

总体而言，选择学校时，建议你深入了解两所学校的师资力量、科研项目、实践机会以及就业前景等多方面因素。同时，也要考虑自身的职业兴趣和长远规划，选择最适合自己的学校。这样，无论你选择哪所学校，都有机会获得满意的学术和职业发展。