福建工程学院电子信息与电气工程系学科设置独具特色，其中“交通信息与控制”学科是福建省重点学科，由蒋新华教授（校长、博士生导师）担任学科负责人，致力于铁路宽带移动通信系统、下一代互联网技术应用、射频识别技术等研究。

该系设有多个科研与技术应用开发机构，包括控制与通信技术研究所、下一代互联网技术应用研究中心、RFID技术应用研究室、电源技术研究室等，近来承担了80多项政府部门或企业资助的科研项目。在无线宽带移动网关研究方面，该系已达到国内领先水平。

与多所国内外知名高校保持良好合作关系，如美国德克萨斯理工大学、芬兰赫尔辛基理工大学、香港大学、清华大学、同济大学和中南大学等，为多学科合作提供了基础。同时，与国脉科技股份有限公司、天宇电气股份有限公司、省集成电路设计中心等二十多家单位建立了良好的产学研合作关系。此外，该系还与国脉科技股份有限公司、天宇电气股份有限公司、省集成电路设计中心等单位建立了良好的产学研合作关系，为学生的能力培养、创新实践、研究提高提供了良好条件。

为了培养学生的工程实践能力，福建工程学院电子信息与电气工程系拥有福建省首批“电子电气实验教学示范中心”，并承担福建省“电气信息大类校企合作应用型人才培养模式创新实验区”建设任务。实验实习设备价值达3543.8万元人民币，占地面积11300平方米，设有27个实验室和5个实训室，每年承担实验实习教学工作量约52万人时数。

该系与德州仪器公司共建DSP技术应用实验室，与台湾永宏电机股份有限公司合作共建PLC技术应用实验室，与GE-Fanuc智能设备有限公司共建自动化系统实验室，与国脉科技股份有限公司共建现代通信实验室等。其中，与GE-FANUC共建的自动化系统实验室拥有美国统一电气公司推出的最新高端控制器，是当今世界最先进智能化控制系统平台，也是目前福建省最完整、先进和最大型的自动化系统实验室。

福建工程学院电子信息与电气工程系通过优美的教学环境、精良的实验设备和丰富的产学研合作，为电气信息大类应用型本科人才培养奠定了坚实的基础。这不仅有助于提升学生的实践能力，还为教师科研与见习、企业人才需求以及生产技术难题的攻克提供了互惠双赢的良性循环。