华东师范大学体育与健康学院，作为一本院校，拥有悠久的历史。它最初成立于1951年，由东亚体育专科学校的体育系和体育专修科合并而成。

1952年，华东师范大学体育系、体育专修科与南京大学和金陵女子大学的体育系科合并，成立了华东体育学院。然而，在1972年，华东体育学院整体并入了上海师范大学。

直到1980年，华东师范大学才正式恢复成立体育系，并在1981年设立了我国体育学最早的硕士点——体育理论硕士点，随后在1986年设立全国第一个运动生物化学硕士点，1993年又设立了全国首批运动生物化学博士点。

1998年，华东师范大学体育系与大学体育部、上海教育学院体育系、上海第二教育学院体育系合并，成立了新的华东师范大学体育学系。2001年4月，学校批准成立了体育与健康学院。

2003年，学院设立了全国首批体育学博士后流动站，2005年又设立了全国首批体育学一级学科博士点。学院还拥有运动人体科学国家重点学科（培育）、体育理论国家级教学团队、体育教育国家级特色专业，并且还有3个省部级重点研究基地，包括“青少年健康评价与运动干预”教育部重点实验室、上海高校“立德树人”人文社科重点研究基地体育教育教学研究基地、青少年体育教育研究上海市社会科学创新研究基地。

在教育部第三轮学科评估中，体育学科综合发展水平位列全国第三，而在综合性高校中则位居全国第一。