华南理工大学的学院分布于两个校区，广州天河区五山校区设有建筑学院、土木与交通学院、材料科学与工程学院、电力学院、自动化科学与工程学院、电子与信息学院、化学与化工学院、轻工与食品学院、理学院、机械与汽车工程学院、工商管理学院、公共管理学院、思想政治学院、外国语学院和体育学院。

番禺大学城校区则设有生物科学与工程学院、计算机科学与工程学院、软件学院、环境与能源学院、新闻与传播学院、艺术学院、法学院、经济与贸易学院和设计学院。

各学院具体排名情况如下：

建筑学院在全国排名中位列前五；

土木与交通学院在全国排名中位列前十；

材料科学与工程学院在全国排名中位列前十；

电力学院在全国排名中位列二十；

自动化科学与工程学院在全国排名中位列二十；

电子与信息学院在全国排名中位列三十；

化学与化工学院在全国排名中位列三十；

轻工与食品学院在全国排名中位列四十；

理学院在全国排名中位列五十；

机械与汽车工程学院在全国排名中位列五十；

工商管理学院在全国排名中位列八十；

公共管理学院在全国排名中位列一百；

思想政治学院在全国排名中位列一百五十；

外国语学院在全国排名中位列一百五十；

体育学院在全国排名中位列一百五十；

生物科学与工程学院在全国排名中位列五十；

计算机科学与工程学院在全国排名中位列五十；

软件学院在全国排名中位列七十；

环境与能源学院在全国排名中位列七十；

新闻与传播学院在全国排名中位列八十；

艺术学院在全国排名中位列一百；

法学院在全国排名中位列一百；

经济与贸易学院在全国排名中位列一百；

设计学院在全国排名中位列一百。

国际教育学院主要负责国际学生招生和教学工作，不参与专业排名。