内蒙古自治区水利科学研究院，起源于1959年9月，经历了多次机构调整。1960年，与内蒙古电力研究所合并为内蒙古水利电力研究所，后因精简于1962年撤消。1978年，经自治区政府批准恢复水利科学研究所，1985年与水土保持试验站合并，1996年正式更名为现名，成为自治区水利行业的重要科研机构，享受政府重点支持的公益性质研究院。

研究院的组织结构分为行政职能科室，包括办公室、人事科、管理科和财务科。在科研方面，设有农田灌溉研究所、水利工程技术研究所、水保环评监测研究所、水土保持研究所和水资源研究所，这些研究所涵盖了广泛的水利科研领域。此外，还有四个开发中心、实验站和基地，如水土保持生物技术开发中心、农业节水工程研究中心、节水灌溉中心实验站和科技试验示范基地，为实践研究提供了坚实平台。

目前，研究院共有职工221人，其中75人为退休职工，146人为在职员工。在职人员中，高级职称占比丰富，包括19名教授级高级工程师、37名高级工程师，以及工程师、助理工程师等不同级别的专业技术人员，科技人员占比高达79%。在学历方面，有21人拥有硕士及以上学历，54人拥有大学本科学历，45人拥有大学专科学历，还有6人具备中专学历，以及20人具备高中及以下学历。