复旦大学高等教育研究所成立于1986年，致力于高等教育领域的理论与实证研究，提供本校改革发展的调研与咨询，以及研究生培养。前身是教务处的高教研究室，1986年正式独立建制，成为专注于课程与教学问题研究的高级专门人才培养基地。

研究所主要目标是培养教育经济与管理领域的高级专门人才。教育经济与管理专业博士学位点于2012年获准授权，2013年开始首次招生，旨在培养在本学科具有研究重大问题能力的高级专门人才。