南京大学属于综合性大学，文理科都比较均衡，工科和医学稍弱一些（只是相对）。

在一些民间排行榜上，南京大学的理科可排国内前三，社会科学可排进前五，工科在30名以内。这些排名尽管不十分准确，但一定程度反映了南大的综合情况。

至于专业，在2009年教育部学位中心学科评估中，其物理学排名国内第一，软件工程，天文学，地质学，地理科学，法语，戏剧影视文学等专业也都曾名列第一。化学，文学，哲学，历史学都可排国内前三位。