南京理工大学和合肥工业大学的机械考研难度在整体上相差不大，但具体分析，南京理工大学的难度稍微大一些。

以2021年为例，南京理工大学机械考研的复试线为111分（复录比调整为1.2：1），比武汉理工、合工大等院校高出七八分。然而，从进复试的数学二平均分来看，南京理工大学当年的平均分为111分，与武汉理工、合工大等院校的平均分相近。这表明，两所学校在机械考研的难度上可能较为接近。

然而，考生需要注意的是，由于两所学校的考试科目、试卷难度、阅卷标准等方面存在差异，因此考生在备考过程中，需要全面了解南京理工大学和合肥工业大学的具体情况，综合考虑自身的实际情况和目标，做出最合适的选择。

此外，考生还需要注重自己的复习水平和心态，积极备考，提高自己的竞争力。只有做好充分准备，才能在考研中取得理想的成绩。

总的来说，南京理工大学和合肥工业大学的机械考研难度相近，但考生需要根据自身情况做出合理选择，并在备考过程中注重复习质量和心理调适。