南京的医学院有：

1. 南京医科大学

2. 东南大学医学院（原南京铁道医学院）

3. 南京中医药大学翰林学院医学部等。

详细解释：

南京医科大学：这是南京最知名的医学院之一。学校历史悠久，学科门类齐全，涵盖了医学、理学、工学、文学等多个学科领域。其临床医学、护理学等专业在国内具有较高的声誉。

东南大学医学院（原南京铁道医学院）：东南大学医学院是东南大学的重要组成部分，其前身可以追溯到历史悠久的南京铁道医学院。医学院的教学和科研水平在江苏省乃至全国都具有较高的影响力，尤其在临床医学、生物医学等领域有一定的优势。

南京中医药大学翰林学院医学部：这是一所以中医药为特色的学院，不仅开设了中医药相关专业，也涉及医学多个领域的教学和研究。对于希望深入研究中医药的学子来说，这里是一个很好的选择。

以上这些医学院均为南京地区的高等医学教育机构，为国家和地方培养了大量的医学人才，并在医学研究和医疗实践中取得了显著的成果。