南昌大学现有博士学位授权一级学科点15个、博士学位授权二级学科点2个、硕士学位授权一级学科点46个、硕士学位授权二级学科点7个。

有博士专业学位授权点1种、硕士专业学位授权点23种（其中工程硕士20个领域）；有自主设置二级学科博士学位授权点13个、硕士学位授权点8个。

截止2016年6月，学校拥有12个学科门类的119个本科专业，2个国家重点学科（食品科学、材料物理与化学），1个国家重点学科，8个学术类博士学位授权一级学科，45个学术类硕士学位授权一级学科，1种博士专业学位授权（临床医学）和18种硕士专业学位授权，11个博士后科研流动站。

学校化学、临床医学、农业科学（食品科学与工程为主）、工程学4个学科进入美国ESI排名前1%。在全国第三轮一级学科整体水平评估中，食品科学与工程学科位列全国同类学科第4名。