南京的本三学校有以下几所：

1. 南京理工大学泰州科技学院

2. 南京大学金陵学院

3. 东南大学成贤学院

4. 南京航空航天大学金城学院

南京理工大学泰州科技学院：这是一所较为知名的独立学院，以其工科专业为主，同时涵盖管理、经济、文学等多学科。学校依托南京理工大学的优质教育资源，注重培养学生的实践能力和创新精神。

南京大学金陵学院：金陵学院是南京大学的重要组成部分，其学科涵盖了人文、社会科学、理学、工学、医学等多个领域。作为一所高水平的独立学院，金陵学院注重培养学生的综合素质和国际视野。

东南大学成贤学院：成贤学院是东南大学旗下的独立学院，以工科为主，同时也有管理、经济等学科。学校注重理论与实践相结合的教学方法，致力于培养具有创新精神和实践能力的高素质人才。

南京航空航天大学金城学院：金城学院是南京航空航天大学的独立学院，以航空航天为特色，同时也涵盖了其他工科专业。学校注重培养学生的工程实践能力和创新意识，为学生提供了良好的学习和实践环境。