北京大学和南京大学的天文系在多个方面存在差异，首先从教育排名来看，南京大学的天文系在这一指标上优于北京大学。其次，地理位置上，北京大学位于北京，而南京大学则坐落在南京。在天文学科的实力对比上，南大天文系在本科教育中享有较高的综合排名，科研成果也备受认可，而北京大学的天文系尽管科研实力也很强，但稍逊一筹。师资力量方面，南大天文系的教员数量更多，而北京大学的天文教员可能相对较少。

在具体学术合作上，北京大学与科学院合作紧密，1998年与科学院共同组建了北京天体物理中心，于2000年发展为天文学系，并在2001年成为物理学院的一部分，天体物理学科被评为全国重点学科。而南京大学的天文与空间科学学院则有着悠久的历史，成立于2011年，其天文学专业一直是中国高等教育中培养人才最多的院系之一，且拥有唯一的天文学一级重点学科，被誉为天文学人才的摇篮。

总的来说，北京大学和南京大学的天文系在教育排名、地理位置、综合实力和师资力量等方面各有千秋，选择哪一所，取决于个人对地理位置、学科排名和教学资源的不同偏好。