在电气工程及其自动化专业领域，武汉理工大学的表现要优于南昌大学。根据最新的校友会2023中国大学专业排名，武汉理工大学的电气工程及其自动化专业在全国范围内排名第36位，而南昌大学的同类专业则位列第88名。这表明，在教育资源、师资力量以及科研水平等方面，武汉理工大学可能更为出色。

武汉理工大学在该领域的优势不仅体现在排名上，还体现在其丰富的实践资源和科研项目上。学校与多家知名企业有着紧密的合作关系，为学生提供了大量的实习和就业机会。此外，武汉理工大学还设有多个国家级和省级实验室，为学生提供了良好的科研平台。这些都为学生的职业发展提供了强有力的支持。

相比之下，南昌大学虽然也在该专业领域有一定的实力，但在排名上略逊一筹。南昌大学电气工程及其自动化专业可能在某些方面具有特色和优势，但总体上不如武汉理工大学。然而，南昌大学同样拥有优秀的师资队伍和丰富的教学资源，能够为学生提供高质量的教育。

综上所述，如果学生对电气工程及其自动化专业有着浓厚兴趣，并期望获得更好的教育资源和更多的实践机会，那么选择武汉理工大学可能更为合适。然而，如果学生更看重学校的地理位置、文化氛围或专业特色，南昌大学也是一个不错的选择。