一、表达载体不同：

原核表达载体构建重组表达载体：

1、载体酶切：将表达质粒用限制性内切酶（同引物的酶切位点）进行双酶切，酶切产物行琼脂糖电泳后，用胶回收Kit或冻融法回收载体大片段。

2、PCR产物双酶切后回收，在T4DNA连接酶作用下连接入载体。

真核细胞表达载体之一为pEGFP-N1载体，具有对方面的优点。pEGFP-N1载体上携带有EGFP蛋白表达基因。

二、表达实现方式不同：

原核表达载体测序验证目的基因的插入方向及阅读框架均正确,进入下步操作。否则应筛选更多克隆，重复亚克隆或亚克隆至不同酶切位点。以此重组质粒DNA转化表达宿主菌的感受态细胞。

真核表达载体具有neo基因，可以采用G418来筛选已成功转染了该载体的靶细胞。这些特殊的结构可以实现目的基因在靶细胞内的稳定表达。

三、获得目的基因方式不同：

pEGFP-N1载体从结构上看，质粒具有很强的复制能力，可以满足随宿主细胞分裂时跟随胞质遗传给新生的子细胞，这是真核细胞表达载体保证目的基因稳定表达的因素之一。

原核表达载体获得目的基因：

1、通过PCR方法：以含目的基因的克隆质粒为模板，按基因序列设计一对引物（在上游和下游引物分别引入不同的酶切位点），PCR循环获得所需基因片段。

2、通过RT-PCR方法：提取总RNA，以mRNA为模板，逆转录形成cDNA第一链，以逆转录产物为模板进行PCR循环获得产物。

参考资料来源：百度百科-原核表达载体

参考资料来源：百度百科- 真核细胞表达载体