中国航空工业北京航空制造工程研究所的历史可以追溯到1957年，当时它是第二机械工业部第九研究所。经过几次机构调整，它在1958年转变为第一机械工业部第九研究所，然后在1960年归属第三机械工业部。1961年至1962年，该所隶属于国防部第六研究院，并作为中国人民解放军4795部队的一部分运作。

随后在1962年至1965年，研究所成为了中国人民解放军总字930部队，继续其科研与发展。1965年至1968年，它再次归属第三机械工业部第六研究院。1968年至1970年，研究所更名为中国人民解放军京字102部队，接着在1970年至1974年，它成为了中国人民解放军第六二五研究所。

1974年至1983年，研究所隶属于第三机械工业部的第六二五研究所，这段时间内，其科研工作取得了显著的成就。1983年，随着航空工业部的成立，研究所更名为航空工业部第六二五研究所，这一阶段持续到1988年。1993年，研究所归属为中国航空工业总公司，直到1999年，它被改称为中国航空工业第一集团公司中国航空工业制造工程研究所。

2002年，研究所进一步更名为中国航空工业第一集团公司北京航空制造工程研究所，直至2007年，最终成为今天的中国航空工业集团公司北京航空制造工程研究所，继续在航空工业领域发挥着重要的作用。