安徽省药物研究所的研究机构设置丰富多样，涵盖了多个关键领域。其中包括合成室、制剂室、药理室、分析室以及专门研究中药的中药室。研究所特别设立了一系列重要的研究平台，如安徽省中药研究与开发重点实验室，以及安徽省药物缓控释制剂和现代中药制剂工程研究中心，致力于药品创新和技术研发。

研究所配备了先进的设备，这些设备专门用于中西药品、食品和化妆品的工艺研究、质量检测以及药效毒理研究，充分体现了其在技术研究上的实力。实验室拥有300平方米的中试车间，可以进行新药品种的开发工作，为新产品的生产提供基础。同时，500平方米的实验动物中心为药物的早期研究提供了必要的实验环境。

研究所不仅致力于基础科研，还关注产品的产业化进程，能够进行新药研制相关的工艺研究、安全性评价、质量控制等，并提供医药信息方面的技术服务，以满足不同阶段的药品研发需求，为行业的科技进步贡献力量。