限制酶的化学本质是蛋白质。限制性内切酶的形式多样，从大小上来说，它们可以小到如Pvu II（157个氨基酸），也可以比1250个氨基酸的Cje I更大。

现在所知道的酶本质是RNA的是核酶

核酶底物是RNA，限制酶的底物是DNA。

限制酶不属于核酶。