曲阜市内高等教育机构数量不多，仅包含一所专科学校和两所本科院校。

曲阜远东职业技术学院作为唯一一所专科学校，致力于为社会培养高素质技术技能人才。

曲阜师范大学，创建于1955年，是山东省的重点大学之一。学校不仅拥有“国培计划”大学、鲁版“211工程大学”和“山东特色名校工程”重点建设大学的美誉，还是国务院学位委员会批准的具有博士、硕士、学士授予权单位，具有硕士研究生免试推荐权的高等学府。学校是全国首批具有接受公费来华留学生资格的高校之一，全国首批硕士学位授予权高校，国家华文教育基地，享有副教授自审权。

曲阜师范大学坐落在孔子的故乡——曲阜，同时在美丽的海滨城市日照设有新校区，不仅传承了儒家文化的深厚底蕴，也拓展了国际化视野。

齐鲁理工学院，是一所获得国家教育部批准的具有学士学位授予权的普通本科高校，面向全国招生。学院设有济南、曲阜两个校区，济南校区位于济南东部大学城，曲阜校区则坐落在孔子故里，将儒家文化与现代教育理念融合，培养出一批批具有创新精神和实践能力的高素质人才。