高档次。根据查询中国科学院南京地理与湖泊研究所官网显示，中国科学院南京地理与湖泊研究所是全国唯一以湖泊流域系统为主要研究对象的综合研究机构，具有高的学术水平和科研实力，是国家首批具有硕士学位授予权的单位之一，并设有地理学博士后流动站，地理学、环境科学与工程2个一级学科博士培养点，属于高档次。