西湖大学设有生命科学学院、理学院和工学院三个学院。为了营造学科交叉融合的学术氛围，西湖大学分批次规划设置了12个一级学科，包括生物学、生物医学工程、药学、物理学、数学、化学、基础医学、计算机科学与技术、电子科学与技术、光学工程、材料科学与工程、机械工程。

这些学科主要集中在理学、生命与健康、前沿技术这三大学科门类。生物学学科专注于生命科学的基础研究，涵盖了分子生物学、细胞生物学、遗传学等方向。生物医学工程学科则将生物学与工程学相结合，涉及生物医学材料、生物医学信号处理等领域。

药学学科关注药物的研发与应用，包括药物化学、药理学、药物分析等。物理学学科则涉及物质的基本性质及其相互作用，包括理论物理、应用物理等多个分支。数学学科则涵盖了代数学、几何学、概率论与数理统计等多个领域。

化学学科主要研究物质的组成、性质和变化规律，涉及有机化学、无机化学、分析化学等多个方向。基础医学学科则聚焦于人体生理和病理的基础研究，包括病理学、解剖学等。

计算机科学与技术学科则关注计算机硬件和软件的设计与开发，涵盖人工智能、数据挖掘等多个方向。电子科学与技术学科涉及电子电路的设计与应用，包括信号与信息处理、微电子学等。

光学工程学科则专注于光学技术的研究与应用，包括光通信、光学成像等领域。材料科学与工程学科则关注材料的合成、性能和应用，涵盖纳米材料、复合材料等多个方向。机械工程学科则专注于机械系统的设计与制造，包括机械设计、制造工艺等。

通过这些学科的设置，西湖大学旨在推动多学科交叉融合，促进科学研究与技术创新，培养具有国际视野和创新能力的高素质人才。