管理学科分为管理科学与工程、工商管理、公共管理、农村经济管理和文献信息管理五个一级学科，合肥工业大学管理学院目前在管理科学与工程、工商管理、公共管理三个一级学科下面开展教学和科研工作。 学院依托“管理科学与工程”和“工商管理”学科优势，于2000年创办了公共管理学科，2003年获得MPA授予权；公共管理学科主要研究方向有：（1）社会保障政策（2）电子政务。

培养博士研究生的学科：管理科学与工程（一级学科）、企业管理

培养硕士研究生的学科：管理科学与工程（一级学科）、工商管理（一级学科）

培养专业硕士学位研究生的学科或领域： MBA（工商管理硕士）、MPA（公共管理硕士）、物流工程（工程硕士）、项目管理（工程硕士）

培养本科生的专业：信息管理与信息系统、工商管理、会计学、电子商务、旅游管理、市场营销、劳动与社会保障

博士后科研流动站：管理科学与工程