南京研究所包括：

1. 南京大学研究所。南京大学是国内知名的学府，其研究所涵盖了各个领域的研究，如物理、化学、计算机科学等。这些研究所拥有先进的研究设备和实验室，致力于推动科研进展和学术创新。

2. 南京航空航天研究所。该研究所是中国航空航天领域的重要研究机构之一，专注于航空航天技术的研发与创新。其主要研究领域包括飞行器设计、航空材料、航空电子等。

3. 南京林业科学研究所。这是一个专注于林业科学研究的机构，主要针对林业生态学、林木遗传育种等领域展开深入研究，对我国的森林资源保护和可持续利用有着重要的贡献。

解释如下：

南京作为一个历史悠久、科研实力雄厚的城市，拥有众多知名研究所。上述列举的研究所在各自的领域内都有深厚的研究基础和卓越的研究成果。这些研究所汇聚了大量的科研人才和先进设备，不仅致力于学术研究，也为我国的科技创新和产业发展做出了重要贡献。例如，南京大学研究所在物理、化学等基础学科领域有着很高的声誉；南京航空航天研究所则在我国航空航天事业的发展中起到了关键作用；南京林业科学研究所则为我国的林业生态保护提供了重要支撑。这些研究所共同构成了南京丰富的科研生态，推动了城市的持续发展和进步。