湖南中医药研究院设有：附属医院（中医临床研究所）、中药研究所、中医基础研究所、文献信息研究所、湖南国华制药有限公司、湖南雅龙生物工程有限责任公司、湖南省中医药科技发展总公司、《湖南中医杂志》社等专业机构和经济实体。现为国家中医药管理局科研基地、国家药品监督管理局药品临床研究基地、国家中医药文献检索湖南分中心、湖南省中药新药研究与开发重点实验室、国务院首批批准有硕士学位授予权并且具有联合招收博士生、全日制与成高大专生的中医药科研单位。