青海大学农牧学院的学科设置丰富多样，主要由四个系组成：农林系、动物科学系、动物医学系和草业科学系。这些系所包含的学科均为省级重点学科，显示出学院在相关领域内的高水平研究实力。其中，高原动物疾病研究室更是被评为省级重点实验室，致力于深入研究高原动物健康问题。

学院设有17个教研室，为教学和科研提供了坚实的基础。目前，学院提供包括动物科学、食品科学与工程、动物医学、草业科学、农学、植物保护、林学、园艺和园林在内共11个本科专业，涵盖了农业的多个分支，部分专业还设有11个专业方向，以满足不同学生的学习需求。

在研究生教育方面，学院拥有6个硕士学位授权点，分别是草业科学、基础兽医学、动物营养与饲料科学、作物栽培与耕作学、作物遗传育种以及园林植物与观赏园艺，为学生提供了深入学术研究的机会。2007年起，已有18名教师具备硕士研究生导师资格，能够指导学生们进行高层次的学习和研究。

此外，学院与外部建立了广泛的合作关系，拥有29处校外教学科研实习基地，为学生的实践能力和职业发展提供了良好的实践平台。