1. 多学科交叉性：发酵工程是一门综合性学科，需要涉及物理、化学、生物、工程等多个学科的知识。

2. 多样化的微生物：发酵工程中使用的微生物数量众多，种类繁多，每种微生物在发酵过程中有不同的表现和特点。

3. 复杂的反应动力学：发酵过程是一个复杂的反应过程，涉及到大量的反应动力学问题，需要进行精确的计算和控制。

4. 易受污染的过程：发酵工程需要在高温、高湿的环境中进行，容易受到微生物污染和杂质污染。

5. 大规模生产：酵母、细菌等微生物生产需要大规模生产，需要设计合理的工艺流程、设备和设施。

6. 注重品质控制：发酵产品对于产品品质和安全要求极高，需要严密的品质控制和监测。