在医学考研中，699和306的区别主要体现在以下几个方面。首先，306西医综合科目是专业型硕士的必考项目，而学术型专业硕士则需要考699。

其次，306西医综合由国家统一命题，遵循统一的大纲，这意味着全国范围内的考生都会使用相同的试卷，就像政治科目一样，它是全国统考的。

而699则由各个学校自主命题，每个学校的考试内容和试卷都不尽相同，因为每个学校可以根据自己的大纲来出题。

此外，临床考试的内容也有差异。306西医综合的临床考试内容主要集中在内科和外科两门课程上。

相比之下，699的临床考试则主要涉及诊断学和外科学总论两门课程。

最后，这两个考试项目的产生时间也有所不同。2016年之前的研究生入学考试中，306西医综合是必考科目，满分为150分，从2007年起，满分为300分，题目数量增加至180道。

到了2017年，研究生考试进行了重大改革，专硕和学硕进行了分离，一部分学校采用了306临床医学综合能力，而其他学校则继续自主命题。