金牛湖校区和校本部的地理位置有所差异，金牛湖校区位于安徽省的天长市，而校本部则坐落于南京市的江北新区。

在学院的开设方面，金牛湖校区设有应用技术学院、研究院、研究生院和国际学院等。相对而言，校本部则涵盖了大气科学学院、大气物理学院、应用气象学院、水文气象学院、遥感学院以及传媒与艺术学院等学院。

另外，两校区的成立时间也存在显著差异。金牛湖校区是于2020年成立的，相比之下，校本部的建立时间则更早，追溯到1960年。