1、性质不同

南京艺术学院由中华人民共和国文化和旅游部与江苏省人民政府共建，是中国-东盟艺术高校联盟成员、中国六大艺术学院之一，江苏省属重点大学。

南京艺术学院高等职业教育学院属于南京艺术学院二级学院建制，是南京艺术学院设立的一个院系。

2、学历层次不同

南京艺术学院是学历层次有本科、硕士、博士，是中国唯一一个拥有艺术学学科下全部五个一级学科博士点和博士后流动站的高校。

南京艺术学院高等职业教育学院学历层次为本科。

3、设立专业不同

南京艺术学院设有多个院系，包括艺术史论、音乐表演、音乐学、作曲与作曲技术理论、舞蹈表演、舞蹈学、舞蹈编导、表演、戏剧影视文学、广播电视编导、戏剧影视导演、戏剧影视美术设计、录音艺术、播音与主持艺术、动画、影视摄影与制作、美术学、绘画、摄影、书法学等专业。

南京艺术学院高等职业教育学院设有艺术设计、音乐学、影视表演、舞蹈编导、播音与主持艺术五个专业。

参考资料来源：百度百科-南京艺术学院高等职业教育学院

参考资料来源：百度百科-南京艺术学院