南京大学博士点学科覆盖广泛，涵盖多个领域。在哲学门类下，主要提供哲学博士课程。

经济学领域则分为理论经济学和应用经济学两个方向，旨在培养深入研究经济理论与应用的专业人才。

法学学科包含法学、政治学、社会学和马克思主义理论，旨在培养法律与社会研究领域的高级专业人才。

文学学科涵盖中国语言文学与外国语言文学，旨在培养语言文学研究的专业人才。

历史学领域包括考古学、中国史和世界史，旨在培养历史研究的专家。

理学门类则涉及数学、物理学、化学、天文学、地理学、大气科学、地质学、生物学、生态学和统计学，旨在培养自然科学领域的高级研究人才。

工学领域包含光学工程、材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通讯工程、计算机科学与技术、建筑学、地质资源与地质工程、环境科学与工程、软件工程，旨在培养工程技术领域的专家。

医学学科覆盖基础医学、临床医学、药学，旨在培养医学研究和医疗领域的高级人才。

管理学领域则包括管理科学与工程、工商管理、公共管理、图书馆、情报与档案管理，旨在培养管理科学与工程领域的专业人才。

艺术学门类提供艺术学理论、戏剧与影视学方向的博士课程，旨在培养艺术理论与实践的专业人才。