北部湾大学的学费采用学分制，实行预收学年学费，按实际学分结算。

农学类专业的学费标准为3800元/年，文学、教育学类专业的学费标准为4199、4200元/年，理、工、管理、经济学类专业的学费标准为4599、4600元/年，而艺术学类专业的学费标准为11999、12000元/年。

特别提到的是，小学教育本科专业（四年制，农村小学全科教师定向培养计划）的学生在学习期间将免除学费。

中波合作电子信息工程本科专业教育项目中，前三年的学费标准为25000元/年。若学生在第四年选择出国，学费将由波兰华沙理工大学按其相关学费标准收取，以2019年为例，该标准约为4000欧元/年（仅供参考）。若学生选择不出国，则可以选择继续在本校学习，其学费将按照同级同专业标准收取。