南京市有很多知名大学设有研究生专业，

1. 南京大学（Nanjing University）：南京大学是中国著名的综合性大学之一，设有多个研究生专业，包括理学、工学、文学、历史学、哲学等。

2. 东南大学（Southeast University）：东南大学是一所以工科为主的多学科大学，设有研究生专业涵盖理学、工学、管理学等。

3. 南京航空航天大学（Nanjing University of Aeronautics and Astronautics）：南京航空航天大学是一所以航空航天工程为主的多学科大学，设有研究生专业包括理学、工学等。

4. 南京理工大学（Nanjing Institute of Technology）：南京理工大学是一所以兵器工程为主的多学科大学，设有研究生专业包括理学、工学等。

5. 南京农业大学（Nanjing Agricultural University）：南京农业大学是一所以农业为主的多学科大学，设有研究生专业包括农学、理学、工学等。

6. 南京师范大学（Nanjing Normal University）：南京师范大学是一所以教育学、文学为主的多学科大学，设有研究生专业包括文学、教育学、理学等。

7. 中国药科大学（China Pharmaceutical University）：中国药科大学是一所以药学为主的多学科大学，设有研究生专业包括药学、理学等。

8. 南京工业大学（Nanjing Tech University）：南京工业大学是一所以工程为主的多学科大学，设有研究生专业包括理学、工学等。

9. 南京信息工程大学（Nanjing University of Information Science and Technology）：南京信息工程大学是一所以信息工程为主的多学科大学，设有研究生专业包括理学、工学等。

10. 南京林业大学（Nanjing Forestry University）：南京林业大学是一所以林业为主的多学科大学，设有研究生专业包括农学、理学等。

以上仅为部分高校，实际上南京市还有很多其他大学设有研究生专业，具体可以查阅各大学的官方网站或咨询相关招生办公室。