首都医科大学学费标准为：长学制专业，本科阶段学费为6000元/年，硕士研究生阶段为8000元/年。

不同本科专业学费有所区别，医学类专业学费为6000元/年，工学类专业为5500元/年，管理学和法学类专业为5000元/年。高职（专科）专业学费为7500元/年。住宿费依据住宿条件，一般在每学年750至1200元之间。山区半山区临床医学定向专业的学生则免收学费和住宿费。具体费用标准以北京市教委的审核结果为准。